El rector es el responsable de orientar todo el proceso educativo de la institución y, por tanto, debe cumplir con sus funciones de acuerdo con lo previsto en las normas vigentes. En general y en lo relacionado con el Gobierno Escolar, sus principales funciones son:

• Orientar la ejecución del proyecto educativo institucional y aplicar las decisiones del gobierno escolar. 
• Velar por el cumplimiento de las funciones docentes y el oportuno aprovisionamiento de los recursos necesarios para el efecto. 
• Promover el proceso continuo de mejoramiento de la calidad de la educación en el establecimiento. 
• Mantener activas las relaciones con las autoridades educativas, con los patrocinadores o auspiciadores de la institución y con la comunidad local, para el continuo progreso académico de la institución y el mejoramiento de la vida comunitaria. 
• Establecer canales de comunicación entre los diferentes estamentos de la comunidad educativa. 
• Orientar el proceso educativo con la asistencia del Consejo Académico.
• Ejercer las funciones disciplinarias que le atribuyan la Ley, los reglamentos y el manual de convivencia. 
• Identificar las nuevas tendencias, aspiraciones e influencias para canalizarlas en favor del mejoramiento del proyecto educativo institucional.
•  Promover actividades de beneficio social que vinculen al establecimiento con la comunidad local. 
• Aplicar las disposiciones que se expidan por parte del Estado, atinentes a la prestación del servicio público educativo. 
• Las demás funciones afines o complementarias con las anteriores que le atribuya el proyecto educativo institucional.